El defensa zamorano Rafael Márquez debutó en 1996 bajo la dirección técnica de Efraín Flores. Ese primer torneo, el jugador formado en las fuerzas básicas del Atlas, participó en 11 juegos todos iniciando como titular, terminó 8 y en 3 ocasiones salío de cambio.
El primer gol de Rafael Márquez a nivel profesional llegó el día 27 de noviembre de 1996, cuando los rojinegros del Atlas enfrentaron en partido de vuelta al Monterrey. Márquez Álvarez anotó al minuto 21 del primer tiempo a "la Bomba" Rubén Ruíz Díaz.
En 18 años de carrera "el Kaiser de Michoacán" ha jugado con cinco clubes, 2 de México, 1 de Francia, 1 de España y 1 de Estados Unidos. El 31 de agosto veremos al defensa mexicano vestir su sexta playera como profesional cuando el Hellas Verona visite el estadio "Atleti Azzurri d'Italia" de la ciudad de Bérgamo.