Nacido en Zamora de Hidalgo, Michoacán el 13 de Febrero de 1979, Rafael Márquez Álvarez es hijo de Rafael Márquez Esqueda (ex futbolista mexicano) y de Rosa María Álvarez. Tiene dos hijos, Santiago y Rafaela, producto de su relación de 4 años con la actriz Adriana Lavat.
En 2011 se casó con la modelo mexicana Jaydy Michel, ex esposa de Alejandro Sanz con quien tuvo una niña, Manuela Sánchez Michel. Rafa y Jaydy aún no tienen hijos en común.